紫外线消毒器相比其它消毒方法具备多种优势。与化学处理方式不同的是，紫外线不会在生产用水中引入毒素或残留物质，而且也不会改变待消毒液体的化学成分、口感、气味或PH值。
紫外线消毒器可作为水消毒的主要方法，或作为其它水纯化手段的一个补充：如碳过滤、反渗透或巴斯德杀菌法。由于紫外线消毒不会产生任何残余，处理系统安装的最佳位置就是每个处理单元的末端。这样不仅能破坏滋生的微生物，并使加工过程中污染的可能性降到最低。
生产用水或液体配料的典型紫外线消毒系统包括安装在圆柱形不锈钢腔内、带石英保护罩的UV照灯。腔的一端注入待处理的液体，使其流经整个腔体。实际上任何液体流经处理装置都能得到有效U消毒，包括未净化的自来水、经过滤的生产用水、高粘度的糖浆、饮料及排放的污水。
紫外线(UV)消毒技术是一种非化学物质消毒方法，它正日益受到大众的认可。UV能杀灭所有已知的侵蚀型微生物，包括各种细菌、病毒、酵母菌和真菌(以及它们的孢子)。该方法是一种低维护成本、非常环保的消毒技术，在确保高水平消毒效果的同时避免了消毒化学品的应用。
化学消毒方法固然在目前的水处理领域占有重要的地位，但是随着人们对水质标准要求的提高和消毒副产物研究的不断深入，以及紫外线消毒机理的深入揭示紫外线技术的不断发展以及消毒装置在设计上的日益完善，紫外线消毒法成为代替传统的化学消毒法的主要物理消毒方法之一。
消毒器可用在食品行业，就拿糖浆来说，糖浆可能是微生物最理想的滋生场所。尽管糖份含量很高的糖浆并不利于微生物的生长，但是休眠的孢子会在糖浆被稀释后恢复活性。在加工糖浆和稀释时进行紫外线消毒能够确保休眠的孢子*失去活性。
